Theo đó, Tổng cục Thuế có nhiệm vụ rà soát các văn bản, chính sách, quy trình nghiệp vụ về hoàn thuế GTGT để kịp thời có biện pháp sửa đổi, bổ sung cho chặt chẽ nhằm tránh trường hợp gian lận trong hoàn thuế GTGT, gây thất thu cho NSNN.
Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, đơn vị thuế thực hiện kiểm tra sau khi có có dấu hiệu nghi vấn như: DN có vốn điều lệ, vốn chủ sở hữu nhỏ hơn so với quy mô doanh số kinh doanh, so với số thuế đề nghị hoàn; Cơ sở kinh doanh sản xuất, thương mại mới thành lập trong thời gian 24 tháng trở lại; DN kinh doanh thương mại không có cơ sở vật chất (nhà máy, xưởng sản xuất, kho hàng, phương tiện vận tải, hệ thống các cửa hàng, …); Lập DN ở địa phương này nhưng kinh doanh mua, bán sản phẩm, hàng hóa (nhất là hàng hóa nông sản) sản xuất ở địa phương khác có dấu hiệu bất thường; DN kinh doanh thương mại mua hàng hóa phục vụ xuất khẩu chủ yếu từ DN kinh doanh thương mại, doanh nghiệp mới thành lập, tổ chức, cá nhân thu gom hàng hóa là nông lâm thủy sản không chịu thuế GTGT đầu vào; DN thực hiện thanh toán hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu từ tài khoản vãng lai; DN bên mua và bên bán có quan hệ vợ chồng, anh em, quan hệ liên kết có dấu hiệu bất thường.
Đối với các đơn vị Hải quan, Bộ Tài chính yêu cầu phải thực hiện kiểm tra 100% sau hoàn thuế đối với các hồ sơ đã thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với DN có rủi ro về thuế. Tổ chức kiểm tra trước khi hoàn thuế GTGT đối với các DN có rủi ro cao về thuế.
Các đơn vị Hải quan có trách nhiệm kiểm tra tính đầy đủ; tính chính xác đối với toàn bộ hồ sơ xuất nhập khẩu hàng hóa bao gồm: Hợp đồng xuất khẩu ký với nước ngoài; Tờ khai hải quan của hàng hóa xuất khẩu có xác nhận thực xuất của cơ quan Hải quan; Chứng từ thanh toán tiền hàng hóa xuất khẩu qua ngân hàng; Hợp đồng mua hàng hóa để xuất khẩu; Hóa đơn mua hàng hóa để xuất khẩu; yêu cầu phải kiểm tra trên cơ sở dữ liệu ngành để loại trừ hóa đơn của DN đã bỏ trốn; DN chậm kê khai, nộp thuế GTGT; hóa đơn không đúng quy định; Chứng từ thanh toán tiền mua hàng hóa xuất khẩu qua ngân hàng; Các chứng từ, hoạt động liên quan vận chuyển hàng hóa, thuê kho bãi,… của hàng xuất khẩu.
Bên cạnh đó, đại diện Vụ Thanh tra – Tổng cục Thuế cho biết, trước thực trạng gian lận hoàn thuế GTGT trong hoạt động xuất khẩu tiểu ngạch ngày càng gia tăng, hiện Tổng cục Thuế đang đề xuất với Bộ Tài chính sửa đổi Thông tư 06/2012/TT-BTC theo hướng bỏ quy định về hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu tiểu ngạch qua biên giới thanh toán bằng việc nộp tiền mặt vào tài khoản vãng lai của tổ chức, cá nhân nước ngoài mở tại NHTM Việt Nam; Bổ sung quy định về hợp đồng mua hàng vào hồ sơ hoàn thuế đối với DN xuất khẩu hàng hóa qua biên giới đất liền; đồng thời sửa đổi chính sách có liên quan, nhất là quy định về điều kiện DN được tự in hoá đơn, bổ sung quy định về kiểm tra hải quan 100% hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền đối với DN có rủi ro cao…